Auf dem Gebiet der Politischen Gemeinde Arbon bestehen die drei Primarschulgemeinden Arbon, Frasnacht und Stachen sowie die Sekundarschulgemeinde Arbon. Gegen 1'700 Schülerinnen und Schüler aus Arbon werden an insgesamt acht gut ausgebauten Standorten beschult.
Die Primarschulgemeinde Arbon umfasst die drei Schuleinheiten Bergli, Seegarten und Stacherholz. Dazu gehören auch 14 Kindergartenklassen an zehn Standorten. Schulergänzende Betreuung gibt es in allen drei Schuleinheiten von Montag bis Freitag, jeweils von 06.45 bis 18.00 Uhr. Auch während acht von 13 Ferienwochen wird Betreuung angeboten.
Die Primarschulgemeinde Frasnacht beschult die Kinder aus dem Ortsteil Frasnacht sowie angrenzenden Quartieren auf Roggwiler Boden und bietet Schulergänzende Betreuung.
Stachener Kinder besuchen in der Primarschulgemeinde Stachen jahrgangsdurchmischte Klassen.
Die Sekundarschulgemeinde Arbon führt die drei Schulzentren Reben 4, Reben 25 und Stacherholz. Nebst Arboner Schülerinnen und Schülern beschult die Sekundarschulgemeinde auch jene aus Roggwil und Steinach. Die Sekundarschulgemeinde Arbon bietet einen Mittagstisch sowie Begabtenförderung in Musik und Handball.